La Cellule a en son sein des partenaires techniques et financiers:
- Partenaires multilatéraux : Fonds Mondial, BAD, Banque mondiale, OMS, ONUSIDA, UNICEF, PNUD
- Partenaires bilatéraux : USAID, Coopération française, Coopération Belge,
- Partenaires techniques : CDC, ESTHER, SOLTHIS, PSI, Fondation Clinton/Unitaid, Fondation Biomérieux, Bio Mali.
- ONGs nationales : Groupe Pivot Santé Population, ARCAD/SIDA, Plan Mali, Walé, Kénédougou Solidarité.