Services Centraux
1. Direction nationale de la santé (DNS)
2. Direction de la Pharmacie et du Médicament (DPM)
3. Direction Administrative et Financière (DAF)
4. Inspection de la Santé  

Services rattachés
1. Programme national de lutte contre le paludisme (PNLP).
2. Cellule d'Exécution des Programmes de Renforcement des Infrastructures Sanitaires (CEPRIS).
3. Centre national d'Information, d'Education pour la Communication en Santé (CNIECS).
4. Cellule de Planification et de Statistique (CPS).
5. Cellule d'Appui à la Décentralisation et à la Déconcentration

Organismes personnalisés
Etablissements publics hospitaliers :
1. Centre hospitalo-universitaire du point G
2. Centre hospitalo-universitaire Gabriel Touré
3. Centre hospitalo-universitaire de Kati
4. Centre national d'odonto-stomatologie (CNOS)
5. Institut d'Ophtalmologie tropicale d'Afrique (lOTA)
6. Hôpital Nianankoro Fomba de Ségou
7. Hôpital Fousseyni DAO de Kayes
8. Hôpital de Sikasso
9. Hôpital Sominé Dolo de Mopti
10. Hôpital de Tombouctou
11. Hôpital de Gao.

Etablissements publics à caractère
Scientifique et technologique :
1. Laboratoire National de la Santé (LNS)
2. Institut national de recherche en santé publique (INRSP).
3. Centre national d'appui à la lutte contre la maladie (CNAM).
4. Centre national de transfusion sanguine (CNTS)
5. Centre de recherche, d'étude et de documentation pour la survie de l'enfant (CREDOS)
6. Institut national de formation en science de la santé (INFSS)
7. Agence Nationale de la Sécurité Sanitaire des Aliments (ANSSA)

Etablissement public à caractère administratif :
1. Agence nationale d'évaluation des hôpitaux (ANEH)

Etablissements publics à caractère industriel :
1. Usine malienne de produits pharmaceutiques (UMPP)
2. Pharmacie populaire du Mali (PPM)